Pour préserver l'homéostasie, l'intestin doit maintenir un équilibre entre les différentes bactéries. Si les bonnes bactéries restent présentes et occupent la place dans la muqueuse intestinale, la flore pathogène n'aura pas loisir de se développer.
La flore dominante saprophyte est composée de bactéries anaérobies et lactiques sécrétant de l'eau oxygénée au pouvoir antiseptique et des lactases qui assurent la digestion des produits laitiers. ( bactéroîdes, bifidobacterium, lactobacillus acidophillus, eubacterium, streptococcus lactis, streptococcus faecum, peptostreptococcus, endosporus, plectridium)
La flore sous dominante pathogène est constitué de bactéries aérobies comme les escherichia (2000 espèces environ) les Enterococcus et streptococcus. elles peuvent migrer.
La flore fluctuante pathogène est composé de Proteus, Clostridium, Candidas (Albicans, parapsilosis, micoderma, pelliculosa, néoformans) ; Klebsiella pneumoniae ( vers les poumons) Blastocytes hominis (vers le tissu mammaire) ; staphylococcus divers.
La communication cerveau/intestins se fait au travers du système nerveux autonome (partie du système nerveux qui régit l'activité des muscles lisses, du muscle cardiaque et de certaines glandes).
La structure des neurones sensoriels et moteurs est identique. Ils utilisent les mêmes circuits de traitement de l'information, les mêmes cellules gliales ainsi que les mêmes neurotransmetteurs (acétylcholine, noradrénaline, dopamine et sérotonine.)
Les neuromédiateurs sont synthétisées à partir des acides aminés dont principalement la tyrosine et le tryptophane. Le premier donnera de la dopamine et de la noradrénaline le deuxième de la sérotonine et de la mélatonine.
La connexion cerveau intestins à travers le nerf vague crée une relation complexe entre les deux systèmes. Il existe donc des messages permanents entre le tube digestif et le cerveau .Ce dialogue peut être perturbé dans les cas de dysbiose et d'inflammation.
C'est l'hypothalamus qui assure en grande partie la régulation de l'activité du système autonome, C'est-à-dire lien entre l'activité sympathique et l'activité parasympathique. Les 2 systèmes ont des effets antagonistes. En effet, le système nerveux orthosympathique prend le pas pour favoriser les fonctions physiologiques qui participent à l'effort physique, il intervient également dans la phase d'alarme du stress.
Le système parasympathique gère lui les fonctions lorsque l'organisme est au repos ainsi que durant la digestion.
Une mauvaise alimentation est susceptible de créer des carences et/ou des excès. Ce déséquilibre sera communiqué par le nerf vague jusqu'au cerveau entrainant parfois fatigue, baisse de concentration, désintérêt, dépression.
Un déséquilibre des fonctions mentales (stress répété, anxiété, angoisse... ) pourra dans le sens inverse provoquer une dysbiose et toutes les réactions chimiques induites par le stress dans l'organisme.
Pour conclure, une bonne santé découle de l'équilibre des fonctions physiologiques, émotionnelles et psychiques.